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脚本は原作者の藤子・Ｆ・不二雄。監督は本作以降、芝山努が担当。夏休みにドラえもんとのび太たちは海の底でキャンプをすることに。のび太たちは海底キャンプを楽しむが、突然、大イカに襲われ、危ないところを海底人に助けられる。海の底には人間から隠れて暮らす海底人の国“ムー連邦”があったのだ。のび太たちは海底人に幽閉されるが、エルという海底人と友だちになる。そんなとき、バミューダ・トライアングルにある鬼岩城のコンピュータ“ポセイドン”が攻撃をしかけてくる。ポセイドンはとうの昔に滅んだ国“アトランティス”のコンピュータ